ปัจจุบัน ยุทธพร อิสรชัย เป็นรองศาสตราจารย์ประจำสาขาวิชารัฐศาสตร์ มหาวิทยาลัยสุโขทัยธรรมาธิราช และยังเป็นอาจารย์พิเศษในสถาบันวิชาการต่างๆ ทั้งในระดับปริญญาตรี ปริญญาโท ปริญญาเอก และหลักสูตรพิเศษต่าง ๆ เช่น จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล วิทยาลัยการทัพอากาศ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ มหาวิทยาลัยบูรพา มหาวิทยาลัยมหาสารคาม มหาวิทยาลัยกรุงเทพ มหาวิทยาลัยรังสิต มหาวิทยาลัยเกริก มหาวิทยาลัยปทุมธานี มหาวิทยาลัยสวนดุสิต มหาวิทยาลัยราชภัฏพระนคร มหาวิทยาลัยจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย และสถาบันพระปกเกล้า รวมทั้งเป็นวิทยากรให้แก่องค์การระหว่างประเทศ เช่น สหภาพยุโรป (EU Delegation) สถานเอกอัครราชทูตญี่ปุ่นประจำประเทศไทย เป็นต้น

นอกจากนี้ ยังเป็นผู้ให้ความเห็นทางการเมืองในสื่อมวลชนทั้งโทรทัศน์ วิทยุ หนังสือพิมพ์ สื่ออินเทอร์เน็ต มีผลงานทางวิชาการด้านการสื่อสารทางการเมือง พรรคการเมืองและการเลือกตั้ง การเมืองการปกครองท้องถิ่น ระเบียบวิธีวิจัยทางรัฐศาสตร์ ประชาสังคมและชุมชนท้องถิ่น กระบวนการพัฒนาและทางเลือกสาธารณะ เศรษฐกิจการเมืองไทย แนวคิดทางการเมืองและสังคม ปัญหาการพัฒนาทางการเมืองไทย รัฐธรรมนูญ สถาบันการเมือง และองค์กรอิสระ ฯลฯ ในรูปแบบงานวิจัย หนังสือ ตำรา เอกสารการสอน บทความ และสื่อการสอนอื่นๆ

ด้านการเป็นที่ปรึกษาและกรรมการในหน่วยงานต่างๆ เช่น ผู้เชี่ยวชาญประจำตัวสมาชิกสภาปฏิรูปแห่งชาติ และกรรมาธิการยกร่างรัฐธรรมนูญ อนุกรรมาธิการพิจารณากรอบการจัดทำรัฐธรรมนูญ คณะที่ 8 ภาค 3 หมวด 2 การตรวจสอบการใช้อำนาจรัฐ ในคณะกรรมาธิการยกร่างรัฐธรรมนูญ ที่ปรึกษาอนุกรรมาธิการ คณะที่ 2 คณะอนุกรรมาธิการปฏิรูประบบพรรคการเมือง ในคณะกรรมาธิการปฏิรูปการเมือง อนุกรรมาธิการ คณะที่ 4 คณะอนุกรรมาธิการปฏิรูปการเรียนรู้ การปรองดอง และการมีส่วนร่วมทางการเมืองของประชาชน ในคณะกรรมาธิการปฏิรูปการเมือง กรรมาธิการยกร่างพระราชบัญญัติประกอบรัฐธรรมนูญ ว่าด้วยสภาตรวจสอบภาคพลเมือง กรรมการจัดทำข้อเสนอเพื่อยกร่างรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย สภาพัฒนาการเมือง กรรมการจัดทำข้อเสนอเพื่อปฏิรูปประเทศไทย สภาพัฒนาการเมือง กรรมการที่ปรึกษา คณะกรรมการวิชาการ สภาพัฒนาการเมืองที่ปรึกษารัฐมนตรีประจำสำนักนายกรัฐมนตรี สมาชิกสมัชชาแห่งชาติ ที่ปรึกษากรรมาธิการการปกครองและอนุกรรมาธิการติดตามและตรวจสอบการใช้งบประมาณขององค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น สภานิติบัญญัติแห่งชาติ ที่ปรึกษาสมาคมพนักงานเทศบาลแห่งประเทศไทย ที่ปรึกษาสำนักงานคณะกรรมการพัฒนาข้าราชการกรุงเทพมหานคร กรรมการบริหารสมาคมรัฐศาสตร์แห่งประเทศไทย กรรมการออกข้อสอบของกรมการปกครอง กระทรวงมหาดไทย กรรมการจัดการประชุมวิชาการรัฐศาสตร์และรัฐประศาสนศาสตร์แห่งชาติ ครั้งที่ 8 มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ครั้งที่ 9 จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย กรรมการเตรียมการจัดตั้งสภาพัฒนาการเมืองและยกร่างแผนแม่บทพัฒนาการเมือง สำนักเลขาธิการนายกรัฐมนตรี และอนุกรรมการการมีส่วนร่วมกับประชาชนในการสร้างความเข้มแข็งของการปกครองในระบอบประชาธิปไตยและการแก้ไขรัฐธรรมนูญในคณะกรรมการพิจารณาแนวทางการแก้ไขรัฐธรรมนูญตามข้อเสนอของคณะกรรมการสมานฉันท์เพื่อการปฏิรูปการเมืองและศึกษาการแก้ไขรัฐธรรมนูญ สำนักนายกรัฐมนตรี เป็นต้นย